1885년 알렌(H. N. Allen) 박사가 고종황제께 병원 건립 및 의학, 위생학 교육 시행을 청원한 결과 1885년 최초의 서양식 병원인 광혜원·제중원이 설립되었고, 이를 통해 본격적으로 서양의학이 우리나라에 수용되기 시작했다. 1886년 알렌이 제중원 의학부를 개설하면서 서양의학 및 위생학 교육이 시작되었다. 1893년 의학과 보건학 교육을 강조하였던 오 알 에비슨(O. R. Avison) 교장 아래 체계적인 의학교육을 시작하였다. 1916년 세브란스의학전문학교 스코필드(F. W. Schofield) 교수 등이 위생학 교육을 시행하였다. 1895년 우리말로 된 위생학 교과서를 출간하였다. 1895년 콜레라 유행 시 오 알 에비슨이 고종황제로부터 국가 방역 책임자로 임명받아 방역활동을 수행하였는데, 특히 당시 에비슨은 서양의학의 위생개념에 기초한 방역 활동, 콜레라 예방법 교육 및 공중보건 활동을 전개함으로 위생학의 사회적 중요성을 널리 알렸다. 1904년 광견병 백신을 제조하는 등 국민 보건 향상과 위생학 교육에 많은 기여를 하였다. 1925년 김창세 교수(1925-1927, 1916년 졸업)가 미국 존스홉킨스대학교에서 보건학 박사 학위를 받고 귀국하여 위생학교실(Department of Public Health)이 창설되었다. 김창세는 우리나라 최초로 존스홉킨스대학교에서 보건학박사(1925년)를 받고 귀국해 세브란스의학전문학교에 최초의 위생학교실을 창설함으로써 세브란스는 한국 위생학의 요람으로 확실히 자리 잡았다. 이후 1927년 토론토 대학교에서 보건학 박사 학위를 받은 디 비 에비슨(D. B. Avison) 교수(1927-1933) 등에 의해 위생학 교육이 이어졌다.

광복 이후 새로운 국가 건설을 이루어가는 과정에서 연세의 보건학 전통은 빛을 발하였다. 연세의 보건학은 아직 국가의 역량이 부족한 가운데 지역사회보건사업을 선도적으로 이끌었다. 특히 양재모 교수는 당시 세계적인 이슈였던 가족계획사업을 우리나라에 정착시키는 데 절대적인 공헌을 하였다. 또 환경문제의 중요성을 일찍이 인식하고 공해연구소를 만드는 등 연세 보건학의 선구적 역할은 계속 되었다. 광복 이후 1946년 양재모(당시 3학년), 홍석기(당시 2학년) 등이 심상황 교수를 모시고 위생학교실을 재건하였다. 1956년 의학통계학을 강의에 포함하였고, 1957년 경기도 고양군 시범보건소(김명호 보건소장)를 관리 운영하고 의과대학 4학년 학생실습을 실시하였으며, 1957년 연세대학교 대학보건소(오형석 초대 소장)를 설치하였다. 1959년에는 제주도 위생상태 실태조사를 수행하였다. 1960년 서울시민을 대상으로 의료수요, 의료비, 의료이용에 관한 연구를 수행하였다. 1961년 양재모 교수가 보건사회부의 요청으로 의료보험에 관한 첫 보고서인 “사회보장제도 창시에 관한 건의”를 제출하였으며, 대한가족계획협회 창립을 주도하여 가족계획과 모자보건 연구 및 사업을 시작하였다. 1962년 대학과 병원이 신촌캠퍼스로 이전하였고, 방숙(인구 및 가족계획), 김명호(보건교육 및 학교보건), 권숙표(환경보건)를 영입하여 연구 및 사업 분야를 확장하였다. 아울러 통계학, 사회학, 경제학 등 분야를 세분화하여 각 분야별 전문가와 함께 가족계획 현지조사를 시행하였다. 1967년 연세대학교 대학원에 우리나라 최초로 보건학과 석사과정을 개설하여 전문적인 보건인력의 양성을 도모하였다. 1968년 ‘인구 및 가족계획연구소’(양재모 초대 소장)와 ‘공해연구소’(권숙표 초대 소장)를 설립하였으며, 컴퓨터를 이용한 통계자료 처리 방법을 도입하였다. 1970년부터 예방의학 전공의의 정규수련(4년)이 활성화되었으며, 1970년 강원도 동해안 지역의 콜레라 유행 시 보건사회부의 요청으로 콜레라 방역 활동에 참여하였다. 1971년 거제 지역사회의학 사업에 참여하면서 의과대학 4학년 정규과정에 지역사회의학 강의 및 2주 간의 실습을 배정하였고, 1972년부터 거제지역사회보건원에서 지역사회의학 학생 실습을 시작하였다. 1972년 서울 연희동 도시형 지역사회의학 시범사업이 시작되면서 학생 실습을 연희동으로 옮겨서 실시하였다. 1973년 의과대학 증축으로 신관 2층으로 이전하면서 환경보건, 역학통계, 모자보건, 보건관리 연구실 및 실험실습실 등을 확장하였다. 1973년부터 5년간 China Medical Board의 지원으로 전공의에게 장학금을 지급하였다. 1974년 문영한(산업보건)을 영입하면서 경기산업보건 서비스센터 건강진단 사업을 시작하였다. 독일 EZE의 후원으로 1975년 강화군 지역사회보건사업을 시작하면서 강화지역사회보건원을 설립하여 가정건강요원 교육 훈련, 의과대학 학생 실습을 시행하였고, 1976년 봉화의료보험조합(강화군)의 결성 및 관리 운영에 기여하였다.

1885년 제중원 개원 이후 축적된 연세 보건학의 전통 위에 드디어 1977년 보건대학원이 문을 열었다. 이로써 우리나라 공중보건의 각 분야를 담당할 인재들에 대한 차원 높은 교육을 실시하여 우수한 인력을 배출할 수 있게 되었다. 1977년 연세대학교 보건대학원을 설립, 개원하였고, 보건대학원 초대 원장에 양재모 교수가 취임하였다. 1978년 산업보건연구소가 설립되었고, 1979년 보건대학원 1회 졸업생을 배출하였다. 예방의학교실은 1980년 전남지역 콜레라 유행 시 보건사회부의 요청으로 국가방역활동에 참여하였다. 1981년 ‘산업보건연구소’(문영한 초대 소장)를 창립하였고, ‘공해연구소’는 ‘환경공해연구소’로 개칭하면서 생태계 보전문제까지 연구영역을 확대하였다. 1981년부터는 매년 신설 의대 출신의 전공의를 포함하여 선발, 급여를 지급하고 전액 장학금을 지원하면서 수련하였다. 강화지역보건사업의 결과로 1981년에 독일 EZE의 후원으로 지역사회병원 ‘강화병원’을 건립, 운영하였다. 1982년에는 강화군이 지역의료보험 2차 시범사업 대상으로 지정되었다. 행동과학, 생식의학 분야로 강의 범위를 확대하였으며, 치과대학에 예방의학 강좌를 개설하였고, ‘인구 및 가족계획연구소’를‘인구 및 보건개발연구소’로 개편하였다. 1983년 ‘산업보건연구소’가 ‘특수 건강진단기관’으로 지정되었다. 1984년 예방의학교실 위치를 연세의료원 종합관 6층으로 이전하였고 국내 최초의 코호트연구인 ‘강화 코호트’를시작하였다. 1985년 5억 규모의 ‘우인기금’을 조성하여 보건분야 전공의 및 대학원생에게 장학금을 지원하기 시작하였다. 1986년 의료윤리교육을 시작하였고, 86 아시아경기대회, 88 올림픽대회의 보건의료기획 프로젝트(책임자 유승흠)를 맡았으며, 전자의무기록시스템(EMR)을 개발하였다. 1987년부터 1989년까지 ‘인구 및 보건개발연구소’에서 병원행정전문가 병원경영 교육을 실시하였다. 70-80년대 보건관리 및 정책 영역에서의 왕성한 활동 결과, 1989년에 ‘인구 및 보건개발연구소’가‘세계보건기구 협력연구기관(WHO/WPRO Collaborating Center for Health Systems Research)’으로 지정되었다. 또한 1988년 김일순 교수는 한국금연운동협의회를 창립하여 우리나라 금연운동의 주춧돌이 되었다. ‘산업보건연구소’가 ‘작업환경측정기관(1990)’, ‘보건관리 대행기관(1991)’, ‘유해 인자별 작업환경 전문 측정기관(1992)’으로 지정되었다. 1991년 서천, 군산지역 콜레라 유행 시 정부의 요청으로 역학조사 및 방역활동을 수행하였다. 1993년 ‘인구 및 보건개발연구소’가 ‘보건정책 및 관리연구소’로 개칭되었다. 1994년 대학원 의학과와 대학원 보건학과에 ‘의료윤리’ 강좌를 개설하였다. 1995년 산업보건연구소의 사업부서가 “연세대학교 의과대학 인천세브란스병원 산업보건센터”(노재훈 소장)로 연세의료원에 편입되었다. 1996년 의과대학에 ‘의학통계학과’를 신설하였고, 1996년 포괄수가제 대상 질환 8종에 대한 진료지침을 개발하였다. 1997-2000년 의료보험수가 구조개편을 위한 상대가치(RBRVS) 개발 연구를 수행하였고, 1998년 의과대학에 ‘의료법윤리학과’를 신설하였다. 1997년 보건대학원 보건환경 고위정책과정이 최초로 개설되었고, 1998년 보건대학원 국민건강증진연구소가 설립되었다(김일순 초대 소장).

예방의학교실에 2002년 ‘의료법윤리학연구소’(손명세 초대 소장)가 설립되었고, 2004년에 예방의학 강좌가 새로 개편된 ‘의료와 사회’ 강좌에 편입되었다. 2006년 ‘의료법윤리학연구소’가 ‘의료법윤리학연구원’으로 승격되었다. 2008년 신축한 연세의료원 종합관(4층, 현 위치)으로 이전하였다. 2013년 의과대학에 심뇌혈관 및 대사질환 원인연구센터(김현창 센터장)를 개소하였다. 2014년 ‘의료법윤리학연구원‘이 ‘WHO 협력센터‘로 지정되었다. 2015년 메르스 유행 시 교실에서 교수, 전공의, 대학원생을 파견하여 역학조사와 방역활동에 참여하였다. 보건대학원은 2007년 보건대학원 보건의료정책과정을 개설하였고, 2008년 신축한 연세의료원 종합관(3층, 현 위치)으로 이전하였다. 새로운 시대변화에 발맞추어 이 시대와 사회가 요구하는 새로운 지식과 새로운 교육 방식을 선도적으로 적용하고 있는데, 국제사이버보건대학교(International Cyber University for Health, ICUH) 창립(2004), 글로벌 보건안보과정 개설 등이 그러한 노력의 일환이다. 2001 / 2011 / 2017 세 번에 걸쳐 제33, 43, 49차 아시아태평양보건대학원협의회(APACPH) 총회를 주최하였고, 2004년 APACPH 산하 국제사이버보건대학교(ICUH)를 창립하였다. 2017년 글로벌 보건안보역량강화 석사과정(MPH Program in Global Health Security)을 개설하였으며, 이후 KOICA GHPF(글로벌 보건정책 및 재정) 1-3기, GCID(감염병 대응 분야 석사학위 연수) 1-3기(2022년 8월-2025년 2월) 과정으로 전세계에서 모인 학생들을 교육 중이다. 2 020년 4월 故 양재모 초대 원장님 흉상 설치와 양재모 홀이 조성되었으며, 2020년부터 코로나19 국제 네트워크, 교육과정 개설 등 코로나19 극복에 기여하였다. 2022년 2학기부터 계약학과로서 건강증진경영학과가 개설되었다.